大部分信件保存在巴黎的Bibliothèque法国国家档案馆，主要是在一大堆没有标记的文件中，这些文件也是用密码——特殊的图形符号写的。这些文件可以追溯到16世纪上半叶，被认为与意大利有关。
然后，一个热衷于破解历史密码的三人偶然发现了这些文件。
来自法国的计算机科学家和密码学家乔治·拉斯里(George Lasry);来自德国的钢琴家、音乐教授诺伯特·比尔曼(Norbert Biermann);以及来自日本的物理学家和专利专家智代智，他们共同努力寻找这些文件背后的真相。
这个多学科团队已经合作了10年，以寻找和理解历史密码。Lasry也是DECRYPT项目的成员，该项目对历史密码进行数字化、转录和识别。
当研究人员开始研究这些独特的密码时，他们很快意识到这些通信是用法语写的，没有任何意大利语的内容。
研究小组发现了使用女性形式的动词和副词，提到囚禁，以及一个关键词:沃尔辛厄姆。弗朗西斯·沃尔辛厄姆爵士是伊丽莎白女王一世的秘书和间谍头子。综上所述，所有的迹象都表明，研究小组可能发现了玛丽·斯图尔特(Mary Stuart)思想遗失了几个世纪的信件。
研究结果周二发表在《密码学》杂志上。
拉斯里在一份声明中说:“苏格兰女王玛丽在各个档案馆留下了大量信件。”“然而，之前有证据表明，玛丽·斯图尔特的其他信件在这些藏品中失踪了，比如那些在其他来源中提到但在其他地方没有找到的信件。我们破译的信件很可能就是这封丢失的秘密信件的一部分。”
新破译的材料总计约5万字，为玛丽在英国被囚禁的时间提供了新的线索。
秘密信件
玛丽·斯图亚特是天主教徒，在她信奉新教的表姐伊丽莎白女王一世之后，她是英国王位的第一继承人。天主教徒认为玛丽是合法的君主。伊丽莎白一世认为玛丽·斯图亚特是个威胁，将她的堂兄监禁了19年，大部分时间都由英国什鲁斯伯里伯爵(Earl of Shrewsbury)看管。她在44岁时被斩首，因为她被指控参与了谋杀伊丽莎白一世的阴谋。
但玛丽在囚禁中并没有闲着。她与盟友保持定期通信，并试图招募信使将她的信件隐藏起来，不让敌人看到。
这些新信件透露了她与法国驻英国大使米歇尔·德·卡斯特诺(sieur de la Mauvissière)沟通的新细节。他们的通信可能早在1578年就开始了。大使把玛丽的信件转寄给她在法国的代理人。
英国政府知道她的秘密活动，反过来，沃尔辛厄姆在玛丽被囚禁期间监视她。他通过法国大使馆内的一名间谍截获了她的一些信件，这就是为什么该团队破译的57封信中的一些也可以在英国档案中找到。
在信中，玛丽抱怨她被囚禁的条件和她糟糕的健康状况。她对自己与伊丽莎白一世关于释放的谈判没有真诚地进行感到遗憾。玛丽详细描述了她对沃尔辛厄姆和莱斯特伯爵罗伯特·达德利的厌恶，而罗伯特·达德利是她表哥的最爱。玛丽还试图贿赂女王的官员。
这些信件还展示了1582年8月她的儿子詹姆斯——20年后成为英国国王詹姆斯一世——被绑架时玛丽所感受到的痛苦。
约翰·盖伊博士是英国剑桥大学克莱尔学院的历史研究员，也是《苏格兰女王:玛丽·斯图亚特的真实生活》一书的作者，他能够在研究报告发布前阅读到这项研究。
盖伊说:“这是一项惊人的研究，这些发现将在文学和历史上引起轰动。”“这是苏格兰女王玛丽·斯图亚特100年来最重要的新发现。”
盖伊说，这些信件表明，即使在被囚禁期间，玛丽也是“一位精明而细心的国际事务分析师”，她参与了苏格兰、英格兰和法国的政治事务。
破解密码
研究团队使用了计算机算法、语言分析和人工密码破译技术相结合的复杂方法来破译这些字母。
拉斯里说:“破译密码不是灵光一现的时刻——它需要相当长的时间，每次都要剥开一层‘洋葱’。”
最初，研究人员使用计算机算法只能阅读30%的文本。然后，他们手动分析这些符号，并通过上下文分析的反复试验来测试它们的含义。
“这就像解决一个非常大的填字游戏，”拉斯里说。“大部分精力都花在抄写密码字母上(总共15万个符号)，并解释它们——5万个单词，足以写一本书。”
根据研究人员的说法，这些密码是谐音的，这意味着字母表中的每个字母都可以用几个密码符号进行编码。这种做法确保了某些符号不会被过于频繁地使用。文本还包括专用符号来表示常见的地方、单词和名称。
研究小组还将这些信件与伦敦大英图书馆中沃尔辛厄姆论文中的一些文件进行了比较，并找到了类似的密码。
拉斯里说:“我们已经破解了更困难的密码，我们偶尔破译了一封来自国王或女王的信件，但与最著名的历史人物之一的50封新信件相比，什么都比不上。”
很可能玛丽写的其他密码信件仍然下落不明。与此同时，这些信件为研究人员提供了大量的信息。
Lasry说:“在我们的论文中，我们只提供了这些信件的初步解释和摘要。”历史学家的深入分析可能会更好地了解玛丽被囚禁的岁月。如果能与历史学家合作，将她的信件破译、注释和翻译成一本编辑过的书，那也很有可能。”
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